Ich kenne das Problem, empfinde es oft auch so, vor allem auf Akustikgitarren.
Ich mache das immer so, daß ich die h-Saite auf dem dritten Bund, also das d, nach der D-Saite Stimme! Wenn man das per Stimmgerät überprüft, liegt dann die h-Saite sozusagen etwas unter ihrer richtigen Stimmung...